分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
工程预算增加工程是“猫腻”较多的地方，究其原因，主要是设计单位设计深度不够，建设单位责任心不强。有些承包商在“低价中标法”中不计成本得到工程后，为了弥补损失，千方百计增加工程签证，在利益诱惑下，某些项目管理者乱签证、补签证现象严重 ，审计人员一旦认真复核，通常会发现签证工程量与实际出入较大。安装、装饰及园林工程结算取定的材料单价和市场行情出入很大，有的甚至“偷梁换柱”。例如某国产灯具安装材料套用进口材料价格，工地现场的名贵树种规格和结算书的规格大相径庭，通过现场勘查取证 ，工程预算水分被大大挤压出来。
工程阶段性对预算的影响：
一项建筑工程要经历决策、设计、实施三个阶段，预算是建筑施工图设计阶段中的产物，它产生在实施阶段之前，这就决定了预算的局造价性。
1、建筑材料价差对预算的影响；
2、 政策性调价；
3、工程预算没有考虑现场签证依次计算如下工程量：2.1.1预埋铁件：包括预埋定位板、预埋螺栓、螺母；2.1.2钢柱、抗风柱、钢梁、吊车梁；2.1.3屋面支撑、系杆、柱间支撑、雨棚骨架；2.1.4屋面檩条、墙面檩条、屋面及墙面檩条的隅撑、拉杆；
工程预算编制的流程：
1.预算部经办人根据招标谈判约定条件，结合公司前期合同样本起草合同草案（技术质量及工期指标由工程部提供），该草案内容是经施工单位认可的内容。
2.将合同草案交律师审阅。
3.施工单位工程预算签字盖章后的合同，签交与律师审核见证。
4.合同经办人、工程预算主管、总经理助理签字认可。
预算部根据采购计划会同工程部拟定招标文件（预算部拟定经济费用指标、工程部拟定技术质量指标），向合格供方单位发放招标通知（电话或书面均可）工程分类定标：由工程部和预算部在合格供方单位中选择1~3家进行比较分析，然后共同确定中标单位。