工程预算如果是预算结算承包，审计的重点是核查乙方提出的设计变更资料是不是通过了原来设计部门的同意或是经过了甲方的签证，这里的重大设计变更有没有计划或者是主管部门的审批手续，变更工程量的计算是不是真实，套用定额与单价是不是合适且准确，设计变更的增减是不是同步，有没有巧立名目、自行定价、搭车收费的现象。预算加系数或是平方米等价已经承包，审计的重点原则上已经把预算的变动，加价系数等算在内，因此不应该再零星项目变动经济洽谈。如果是招标承包，审计的重点是结算应该按中标合同的标价执行，当然遇到特殊复杂工程可以调价，也要有补充的合同，否则就不应该在 的结算关头再另行加价。
工程预算对分包工程进行全过程跟踪审计是提高分包工程内审质量的主要途径。本文主要通过对分包工程审计质量要素的分析，从内部审计的可操作性和务实角度，提出了在分包工程审计思路和方法，对分包工程内审质量的提高进行了探讨。分包工程作为总承包工程的一个重要组成部分，对分包工程进行全过程跟踪审计主要是以合同为主线，通过事前参与、事中监督、事后评价的全过程跟踪，抓住招标竞价、合同签约、现场变更、材料供应、竣工结算等重点审计要素，实现对分包工程的全过程跟踪审计。
工程预算材料费的计算要把好三关：“划分界限关”――严格按规定划分设备与材料。“价格关”――尤其是大宗材料和对造价影响较大的材料，要根据当地造价部门发布的材料指导价或通过市场调查、网上询价等途径，获取材料的真实价格。“计算关”――审查材料费及运杂费计算的合理性和合规性。分包工程计价的审计。对分包工程预算进行合理准确的计价是真实反映分包工程预算的基础，将工程量计算、定额子目套用及费率计取作为分包工程计价审计的审计重点。
工程预算按签证性质可以分为：
①工程经济签证：是指在施工过程中由于场地、环境、业主要求、合同缺陷、违约、设计变更或施工图错误等，造成业主或承包商经济损失方面的签证。经济签证涉及面广，项目繁多复杂，应严格控制签证范围和内容，把握好有关定额、文件规定。建筑工程质量检收划分为检验批、分项工程、分部工程、单位工程的质量验收，做出程序和组织规定要求：（1）检验批的质量验收记录由施工项目专业质量检查员填写，监理工程师（建设单位项目专业技术负责人）组织项目专业质量检查员等进行验收。（2）分项工程质量应由监理工程师（建设单位项目专业技术负责人）组织项目专业技木负责人等进行验收。